Насколько я понимаю, если вода грязная, то имеют место сильное механическое загрязнения, говоря просто трубы ржавые или попадает грязь. В этом случае стандартный фильтр для очистки может не подойти. Товарищи в таком же случае советуют ставить фильтры для бассейна дополнительно в систему. Они неплохо очищают именно от механических загрязнений, но даже после этого надо воду кипятить или обеззараживать другими способами.