Главная героиня второй части — 18-летняя девушка Хизер Мейсон. Хизер терзается ночными кошмарами с одиннадцатилетнего возраста и вынуждена со своим отцом постоянно менять место жительства, скрываясь от таинственных сил. Накануне своего восемнадцатого дня рождения Хизер, вернувшись домой, обнаруживает, что ее отец исчез. Единственное, что она нашла дома, — нарисованный на стене оккультный символ с надписью «отправляйся в Сайлент-Хилл». В Сайлент-Хилле Хизер узнаёт, что она не та, кем себя считает, и что она была избрана, чтобы остановить демона, держащего город в страхе более тридцати лет.